Morazán Sur tiene orígenes en comunidades lenca dedicadas a la agricultura antes de la conquista española, que ejerció una influencia moderada debido a la geografía montañosa. Durante el periodo colonial y los primeros años de la república, sus distritos se consolidaron como poblaciones agrícolas y ganaderas. San Francisco Gotera, la cabecera municipal, creció como centro administrativo y comercial desde el siglo XIX. En el conflicto armado de 1980–1992, varios distritos—incluyendo Gotera, Jocoro, Osicala y Guatajiagua—fueron estratégicos y sufrieron desplazamientos y daños.

Tras décadas de desarrollo rural y artesanal (destacando la cerámica negra de Guatajiagua), en 2023 se unificaron oficialmente los 15 distritos para formar el municipio de Morazán Sur, con el fin de optimizar la gestión pública y fomentar el crecimiento regional. En los últimos años, Morazán Sur ha impulsado proyectos de infraestructura vial, turismo comunitario y fortalecimiento de cadenas productivas locales, consolidándose como un referente de cooperación intermunicipal y desarrollo sostenible en la región.